A unidade de Santos permanecerá funcionando com atividades de pesquisa e extensão na área de óleo e gás.

O campus da USP em Santos, que desde 2012 abriga as atividades de ensino e pesquisa da Escola Politécnica da USP, terá a partir de 2021 cada vez mais espaço para as atividades de ciência e tecnologia relacionadas à indústria de óleo e gás. Isso porque as atividades dos primeiros quatro anos do curso de graduação em Engenharia de Petróleo passarão a ser oferecidas no campus da USP em São Paulo, já a partir de 2021. Sendo assim, o espaço disponível no prédio histórico do Cesário Bastos será dedicado aos laboratórios de pesquisa e o curso de pós-graduação que permanecerão no campus de Santos, bem como as disciplinas do quinto ano do curso de graduação no módulo de  Exploração e Produção de Petróleo.

Entre as motivações para a transferência dos primeiros anos do curso para São Paulo estão a melhoria nos índices de permanência no curso, o oferecimento aos alunos de uma infraestrutura universitária completa em termos de habitação, alimentação e práticas esportivas, e os alunos têm também a possibilidade oferecida pela Universidade de cursar disciplinas de outras áreas. Outra mudança foi a oferta de vagas, que passou de 50 para 35 neste curso, adequação necessária para oferecer uma estrutura adequada de laboratórios no prédio do Departamento de Engenharia de Minas e de Petróleo. 

Como vai funcionar? Os alunos que ingressaram até 2020 no curso de Engenharia de Petróleo em Santos concluem o seu curso em Santos. E já os alunos que ingressarem no curso a partir de 2021 cursarão Engenharia de Petróleo em São Paulo.